L'Ateneo svolge anche attività "in conto terzi", cioè attività che comportano l'erogazione di servizi per il mercato. Si tratta di vere e proprie attività commerciali, che perlopiù corrispondono all'esecuzione di commesse di ricerca o - più raramente - di didattica a favore di imprese ed enti terzi. Dai progetti di ricerca e didattica su commessa si distingue la cosiddetta attività routinaria, quale ad esempio quella connessa alle prove sul calcestruzzo o sulle funi, che viene proposta a catalogo. L'attività conto terzi rappresenta un'importante fonte di finanziamento per le università, perché i margini che possono derivarne consentono di finanziare l'attività istituzionale. 
Nel 2020 l'Ateneo ha approvato un nuovo regolamento interno su questo ambito di attività, con l'intento di favorirne lo sviluppo e consolidare i rapporti con le imprese. Il grafico riporta i valori presenti nel bilancio d'esercizio: il valore complessivo dell'attività conto terzi non esprime, perciò, l'ammontare delle commesse acquisite nell'anno, bensì l'avanzamento dei lavori sulle commesse realizzato nel periodo. L’attività, in crescita nel 2023 per le commesse acquisite da imprese private, ha dimostrato un diverso andamento nell’ultimo anno. 

Nel 2024 le entrate da prestazioni conto terzi si riducono infatti per il secondo anno consecutivo. Il calo è dovuto soprattutto alla contrazione delle attività con il privato nazionale, che si dimezzano rispetto all’anno precedente. In compenso, cresce il contributo del pubblico nazionale e del privato estero, indicando una possibile diversificazione dei committenti e un parziale riequilibrio verso il settore pubblico e l’internazionalizzazione. Tuttavia, la flessione complessiva suggerisce l’opportunità di rafforzare le relazioni strutturate con il territorio e il tessuto imprenditoriale locale.