L'Ateneo svolge anche attività "in conto terzi", cioè attività che comportano l'erogazione di servizi per il mercato. Si tratta di vere e proprie attività commerciali, che perlopiù corrispondono all'esecuzione di commesse di ricerca o - più raramente - di didattica a favore di imprese ed enti terzi. Dai progetti di ricerca e didattica su commessa si distingue la cosiddetta attività routinaria, quale ad esempio quella connessa alle prove sul calcestruzzo o sulle funi, che viene proposta a catalogo. L'attività conto terzi rappresenta un'importante fonte di finanziamento per le università, perché i margini che possono derivarne consentono di finanziare l'attività istituzionale. 
Nel 2020 l'Ateneo ha approvato un nuovo regolamento interno su questo  ambito di attività, con l'intento di favorirne lo sviluppo e consolidare i rapporti con le imprese. Il grafico riporta i valori presenti nel bilancio d'esercizio: il valore complessivo dell'attività conto terzi non esprime, perciò, l'ammontare delle commesse acquisite nell'anno, bensì l'avanzamento dei lavori sulle commesse realizzato nel periodo.
L’attività è in crescita, soprattutto per le commesse acquisite da imprese private.