L'Ateneo svolge anche attività "in conto terzi", cioè attività che comportano l'erogazione di servizi per il mercato. Si tratta di vere e proprie attività commerciali, che perlopiù corrispondono all'esecuzione di commesse di ricerca o - più raramente - di didattica a favore di imprese ed enti terzi. Dai progetti di ricerca e didattica su commessa si distingue la cosiddetta attività routinaria, quale ad esempio quella connessa alle prove sul calcestruzzo o sulle funi, che viene proposta a catalogo. L'attività conto terzi rappresenta un'importante fonte di finanziamento per le università, perché i margini che possono derivarne consentono di finanziare l'attività istituzionale. 

Nel corso del 2020 l'Ateneo ha approvato il nuovo regolamento interno su questo importante ambito della propria attività, con l'intento di favorirne lo sviluppo e consolidare i rapporti con le imprese. Il grafico riporta i valori presenti nel bilancio d'esercizio: il valore complessivo dell'attività conto terzi non esprime, perciò, l'ammontare delle commesse acquisite nell'anno, bensì l'avanzamento dei lavori realizzato nel periodo, misurato considerando i costi sostenuti. 

Dopo un temporaneo rallentamento registrato nel 2020, l’attività si mostra in notevole ripresa nel 2021, superando anche i livelli del 2019.