0. L'Archivio Kanizsa è visibile sul portale SmaTs ed espone le opere scientifiche di Gaetano Kanizsa. Si tratta per la maggior parte di riproduzioni su cartoncino di configurazioni geometriche.  
1. L'Archivio degli Scrittori e della Cultura regionale è aperto al pubblico per la consultazione ai fini della ricerca, per la didattica universitaria, per visite libere o su appuntamento. L'Archivio conserva beni archivistici (23 fondi documentali censiti), biblioteche di persona (8495 unità catalogate) e beni artistici (475 unità). L'Archivio incrementa il proprio patrimonio con le donazioni da soggetti esterni. 
2. L'Archivio storico di Ateneo è consultabile su richiesta; il materiale depositato (1877- 1980) comprende documenti storici, tecnico-amministrativi, biografici e iconografici relativi allo sviluppo e funzionamento dell'Ateneo giuliano
3. La Pinacoteca di Ateneo è collocata nella sede del Rettorato e comprende 29 dipinti e 8 opere grafiche presentati all'Esposizione nazionale di pittura italiana contemporanea promossa dall'Ateneo nel 1953. La collezione, indivisibile e inamovibile dall'attuale sede (vincolo della dichiarazione di interesse culturale del Ministero della Cultura) è visitabile su appuntamento.
4-5. La Collezione di Mineralogia e petrografia comprende una raccolta sistematica di minerali e rocce ed è visitabile a richiesta; la Collezione Marussi è dedicata alla strumentazione per misure geodetiche e geofisiche e attualmente non è visitabile.
6. La Collezione di Scienze sanitarie, dedicata alla strumentazione storica di medicina e diagnostica, è liberamente accessibile presso la hall del Polo Tecnologico dell'Ospedale Maggiore.
7. La Collezione di Scienze naturali presso il Dipartimento di Scienze della Vita è accessibile su richiesta.
8. La Collezione di macchine e strumenti presso il Dipartimento di Ingegneria e Architettura è in fase di allestimento.
9. La Collezione di strumenti presso il Dipartimento di Fisica è visitabile su richiesta.
10. Il Museo Nazionale dell'Antartide espone materiali e documenti relativi alla storiografia, cartografia e climatologia dell'Antartide e alle spedizioni esplorative e scientifiche italiane e straniere. È provvisto di postazioni interattive e percorsi multimediali; la visita è a pagamento.  
11. Il Portale del Sistema Museale di Ateneo - smaTs: documenti d'archivio, fondi librari, collezioni d'arte, di strumenti scientifici e medici, raccolte petrografiche e botaniche

Dal 2005 il Dipartimento di Studi Umanistici dell'Università di Trieste conduce uno scavo archeologico in corrispondenza del centro della città romana di Aquileia, nell'area tra il foro e il porto fluviale. Il cantiere, diretto dalla prof.ssa Federica Fontana in concessione dalla Soprintendenza Archeologia Belle Arti e Paesaggio del Friuli Venezia Giulia, si caratterizza come scavo didattico, con l'obiettivo di formare studenti delle lauree triennali e magistrali, della scuola di specializzazione e dottorandi tanto nelle attività sul campo quanto nelle successive operazioni di studio e pubblicazione dei materiali rinvenuti durante le campagne di scavo.

Le indagini hanno consentito di individuare una grande casa tardoantica, nota come Domus dei Putti danzanti, dal nome attribuito a un pavimento musivo con eroti all'interno di ghirlande fiorite rinvenuto in uno degli ambienti  La planimetria complessiva della Casa non è ancora nota, anche se i dati finora raccolti in corso di scavo sembrerebbero suggerirne l'estensione sull'intero isolato, arrivando, quindi, a un'ampiezza stimata di circa 10.000 mq. Lungo il limite occidentale l'insula era delimitata da un cardine dotato di un ambulacro porticato, sul quale si apriva una fila di botteghe, che sottolineano la vivacità di questo settore della città di Aquileia ancora in età tardoantica.

Le strutture emerse e l'insieme dei materiali rinvenuti, tra cui anche una preziosa e rara coppa diatreta frammentaria, contribuiscono a documentare la vita di questo importantissimo complesso residenziale tardoantico, forse proprietà di un funzionario imperiale.